Introducción a R y Git @ Berkeley Institute for Data Science

8 marzo, 2019

9:00am - 1:00pm PST

Instructores: Juan Pablo Carvallo, Hector Manuel Sanchez Castellanos, Valeri Vasquez (organizadora)

Información General

Software Carpentry tiene como objetivo ayudar a los investigadores a realizar su trabajo en menos tiempo y con menos dolor al enseñarles habilidades básicas de informática de investigación. Este taller práctico cubrirá los conceptos y herramientas básicos, incluidos el diseño del programa, el control de versiones, la gestión de datos y la automatización de tareas. Se alentará a los participantes a ayudarse mutuamente y aplicar lo que han aprendido a sus propios problemas de investigación. Para más información sobre lo que enseñamos y por qué, por favor mira nuestra publicación "Best Practices for Scientific Computing".

Quién:    El curso está dirigido a estudiantes de posgrado y otros investigadores.   

No es necesario que tenga ningún conocimiento previo de las herramientasque será presentado en el taller.

Dónde: 190 Doe Library, Berkeley, California 94720. Obtener direcciones con: OpenStreetMap o Google Maps.

Cuándo: 8 marzo, 2019. Add to your Google Calendar.

Requerimientos: Las asistentes deben traer una computadora portátil con sistema operativo Mac, Linux o Windows (no tablet, Chromebook, etc.), que tenga permisos de administradora habilitados. Deben tener algunos paquetes de software específicos instalados (listados aquí). También es requerido que respeten el Software Carpentry's Código de Conducta.

Accesibilidad: Estamos comprometidas a hacer que este taller sea accesible para todas. Las organizadoras comprobaron que:

Los materiales se entregaran antes del taller, también se encuentra disponible material impreso si se pide a los organizadores con anticipación. Si podemos ayudar a facilitar el aprendizaje (por ejemplo, con intérpretes de lenguaje de señas, o instalaciones para lactancia) por favor contáctanos (utilizando los detalles de contacto listados debajo) e intentaremos proveerlos.

Contacto: Por favor escribe a vnvasquez@berkeley.edu para más información.


Registración

Es requisito registrarse para participar en este workshop. Por favor reserva su puesto aquí:

Cronograma

Utilizaremos este documento colaborativo para chatear, tomar notas y compartir URL y fragmentos de código.

Agenda

09:00 R para análisis científicos reproducibles
10:50 Café
11:00 El control de versiones con Git
13:00 Cierre y distribución de encuestas

Currícula

R para análisis científicos reproducibles

El control de versiones con Git

  • Creando un repositorio
  • Rastreando Cambios: add, commit, ...
  • Explorando el **History**: status, diff, ...
  • Ignorando cosas
  • Repositorios remotos en GitHub: clone, pull, push, ...
  • Trabajos en colaboración
  • Resolving conflicts
  • Conflictos
  • Licencia
  • Ejemplo de referencia o cita
  • Hospedaje
  • Usando Git desde RStudio
  • Referencia...

Configuración

Para participar en un taller de Software Carpentry , necesitarás acceso a algunos de los programas descritos abajo. Además, necesitarás un navegador actualizado.

Mantenemos una lista de problemas comunes que ocurren durante la instalación como referencia para los instructores que pueden ser útiles en la Configuration Problems and Solutions wiki page.

R

R es un lenguaje de programación especialmente poderoso para exploración de datos, visualización y análisis estadístico. Para trabajar con R, usamos RStudio.

Windows

Video Tutorial en inglés

Instala R descargando e instalando este archivo .exe desde CRAN. Además, instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio. Ten en cuenta que si tienes cuentas separadas de usuario y administrador, debes correr los instaladores como administrador (haz click derecho en el archivo .exe y selecciona "Ejecutar como administrador" en lugar de hacer doble click) De lo contrario pueden ocurrir problemas, por ejemplo, cuando instales paquetes de R.

macOS

Video Tutorial en inglés

Instala R descargando e instalando este archivo .pkg desde CRAN. Además, instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio.

Linux

Puedes descargar los archivos binarios para tu distribución desde CRAN. O puedes usar tu administrador de paquetes (por ejemplo: para Debian/Ubuntu corre sudo apt-get install r-base y para Fedora corre sudo dnf install R). Además, por favor instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio.

Git

Git es un sistema de versión de control que permite hacer un seguimiento de quien hiso que cambios, donde y cuando, tiene la opción de actualizar fácilmente una versión publica o compartida de tu codigo en github.com. Vas a neesitar un navegador web soportado (actualmente Chrome, Firefox, Safari, o Internet Explorer 9 para arriba)

Vas a necesitar una cuenta en github.com para alguna partes de la lección de Git. Las cuentas basicas en GitHub son gratuitas. Te incentivamos a crear una cuenta en GitHub si todavia no tenes una. Por favor considera que información persional te gustaria hacer publica. Por ejemplo, por ahi te gustaria revisar algunas de estas instrucciones para mantener tu dirección de email privada escrita por GitHub.

Windows

Git deberia estar instalado en tu computadora como parte de tu instalacion de Bash (escrito mas abajo).

macOS

Video Tutorial

Para OS X 10.9 y superiores, instala Git para Mac ejecutando el instalador mas reciente de "mavericks", podes descargarlo de esta lista. Después de instalar Git, no vas a ver nada en tu carpeta /Applications por que Git es un programa de linea de comando. Para versiónes mas antiguas de OS X (10.5-10.8) Usa el instalador disponible mas reciente de "snow-leopard".

Linux

Si Git no esta ya en tu maquina podes tratar de instalarlo a través de los repositorios de tu distribución. Para Debian/Ubuntu ejecuta sudo apt-get install git y para Fedora sudo dnf install git